Si suppone che a Capiate esistesse una chiesa nel periodo longobardo. In epoca carolingia il Monastero di S. Ambrogio provvede alla costruzione di una basilica intitolata a S. Nazaro, probabilmente per migliorare quella preesistente.
La basilica è documentata a partire dall’885, in un atto di donazione del 10 luglio di quell’anno. Una cella monastica, citata in una pergamena, risulta già soppressa all’inizio del sec. XI.
L’abside è l’unica parte della basilica oggi riconoscibile esternamente, sul lato orientale del compendio.

L’interno, trasformato in abitazioni coloniche nel corso del sec. XIX, è attualmente diviso in due ambienti: in quello orientale sono evidenti gli attacchi dell’abside, del catino, nonché di due nicchie intramurali. Queste nicchie, o absidiole, caratterizzano una tipologia architettonica estremamente rara in Lombardia.

In posizione centrale, di fronte all’abside, è stata rinvenuta una sepoltura privilegiata di epoca altomedievale, con struttura tombale a cassa litica . Sempre all’interno dell’edificio sono state rinvenute tombe a contorno di pietre  risalenti ai secoli XI–XIII circa, e, nella maggior parte, tombe in terra nuda indicativamente dei secc. XIV-XV secolo.

La sepoltura più antica, antecedente alla costruzione della basilica, rinvenuta sotto un muro perimetrale in prossimità dell’abside, risale al IV–V secolo come confermato dalla datazione al radiocarbonio dei resti ossei.
La basilica di Capiate diviene chiesa parrocchiale poco dopo l’anno Mille e viene soppressa nel 1577 dopo la pestilenza, la cosiddetta “peste di S. Carlo”, quando vengono sepolte al suo interno molte vittime dell’epidemia.

In seguito è utilizzata come cappella privata della famiglia Mornico e intitolata a S. Giuseppe. Nel 1874 viene smantellata definitivamente e sostituita dall’attuale piccolo oratorio, sempre dedicato a S. Giuseppe.

All’interno dell’abside antica, nel catino, sopravvivono alcuni affreschi di epoca medievale, raffiguranti un Pantocrator in mandorla contornato da teste di angeli. In basso è raffigurato S. Bernardino, con tre mitrie ai suoi piedi, che predicò nella zona di Lecco intorno al 1420.

Gli affreschi sono stati oggetto di diverse ridipinture e scialbature. Verranno recuperati nel corso del restauro programmato.